Selain Juventus, Emil Audero juga pernah berseragam Inter Milan. Dia bergabung dengan I Nerazzurri pada 10 Agustus 2023, setelah direkrut dari Sampdoria dengan status pinjaman hingga akhir musim.
Dia kalah bersaing dengan Yann Sommer yang lebih sering menjadi pilihan utama di bawah mistar gawang Inter. Bersama Inter Milan, Audero tampil dalam enam pertandingan dengan waktu bermain selama 548 menit.
Meski tak selalu menjadi pilihan utama, Emil Audero ikut membantu I Nerazzurri merengkuh gelar juara Serie A 2023/2024 dan Supercoppa Italiana 2023. Sayangnya, sang pemain tak mendapatkan kontrak permanen dari Inter.
Sementara itu, Sampdoria juga tak memperpanjang kontrak Emil Audero yang berakhir pada 30 Juni 2024. Hingga akhirnya, Audero dipinang klub promosi, Como 1907, dan menandatangani kontrak berdurasi empat musim.