Namun, setelah itu, pencapaian Borneo FC terjun bebas. Pesut Etam meraih satu hasil imbang dan menelan lima kekalahan beruntun dari enam partai, termasuk di championship series BRI Liga 1.
Borneo FC memulai semifinal leg pertama championship series Liga 1 dengan kurang meyakinkan. Pesut Etam menyerah 0-1 dari Madura United di Stadion Gelora Bangkalan, Bangkalan, pada 15 Mei 2024.
Demi mendekat dengan trofi BRI Liga 1 dan lolos ke final championship series, Borneo FC harus comeback atas Madura United dalam pertemuan kedua semifinal championship series di Stadion Batakan, Balikpapan, pada Minggu (19/5/2024) malam WITA.