Insiden pertama yang cukup heboh terjadi terkait Thiago, pemain favorit Guardiola, yang mengalami robekan parsial pada ligamen medial pada musim semi 2014. Awalnya diperkirakan ia hanya perlu istirahat maksimal dua bulan, namun hal itu dianggap terlalu lama oleh Thiago dan Guardiola. Tanpa izin dari Müller-Wohlfahrt, Thiago meminta dokter asal Spanyol, Ramon Cugat, untuk menyuntikkan kortison dan faktor pertumbuhan ke ligamen medialnya.
Namun, pemulihannya tidak menjadi lebih cepat; sebaliknya, Thiago kembali mengalami cedera di tempat yang sama. Bahkan Guardiola kemudian mengakui bahwa perawatan Cugat “mungkin merupakan kesalahan besar”. Thiago akhirnya absen selama hampir satu tahun — dan pada pertandingan kedua setelah kembalinya, insiden berikutnya terjadi.
April 2015, perempat final Piala DFB melawan Bayer Leverkusen. Ketika Benatia mengalami cedera otot, Guardiola berbalik ke arah bangku cadangan dan diduga bertepuk tangan dengan nada mengejek ke arah tim medis. Setelah pertandingan, ia menyebut situasi cedera sebagai “kritis, sangat kritis”. Pada minggu berikutnya, FC Bayern bertandang ke Porto untuk pertandingan Liga Champions; itu seharusnya menjadi perjalanan tandang terakhir Müller-Wohlfahrt untuk sementara waktu.
Atas permintaan Jupp Heynckes, Müller-Wohlfahrt kembali ke klub juara Jerman tersebut pada 2017 dan tiga tahun kemudian ia mengundurkan diri secara permanen tanpa penghormatan atau perpisahan yang layak dari pihak klub. Hal itu “secara manusiawi mengecewakan”, seperti yang baru diakui olehnya tahun lalu. Ia mengaku jatuh ke dalam keterpurukan setelah itu, cara kepergiannya telah “sangat menyakitinya”.
“Lingkungan bisnis sepak bola semakin terasa asing bagi saya, dengan gaji dan biaya transfer yang fantastis yang kini dibayarkan. Olahraga profesional telah menjadi lebih dingin dan impersonal. Semangat kebersamaan semakin berkurang,” katanya hari ini mengenai motifnya saat itu.
“Dulu” FC Bayern berfungsi “seperti sebuah keluarga”. Perasaan itu sudah tidak ia rasakan lagi saat itu. Namun, melihat perkembangan terkini, ia memberikan komentar yang positif, terutama terkait penilaiannya terhadap Vincent Kompany, “murid” Guardiola. Di bawah kepemimpinannya, “untungnya suasana kembali terasa lebih kekeluargaan, begitu yang saya dengar. Itu membuat saya senang.”